Krościenko leży przy starym szlaku handlowym z Sącza do kotliny nowotarskiej. Prawdopodobnie już na przełomie XII i XIII w. istniała tu osada służebna Zamku Pienińskiego. W 1348 roku Kazimierz Wielki który lokował na prawie magdeburskim miasto noszące przez pierwsze lata nazwę "Crosno" wypowiedział przy tym znamienite słowa: "To wspaniałe dzieło, które dokonać postanowiliśmy na pożytek Naszego Królestwa, powinno być wiekuiście trwale i silne, co My Kazimierz z Bożej laski Król Polski niniejszym oznajmujemy powszechności obecnej i przyszłej." I nic pomylił się król Kazimierz, mimo zawieruch dziejowych miasto Krościenko przetrwało 651 lal. Nic zachował się niestety akt lokacyjny Crosna nad Chrostnicą , który spłonął podczas najazdu husytów. Póżniej miejscowość zaczęto nazywać Krścienkiem. Z okresu lokacji pochodzi dzisiejszy układ ulic i rynek w centrum miasteczka. Akt lokacyjny przyznawał mieszczanom wolniznę od podatków na 20 lat, zezwalał na łowienie ryb w rzekach w obrębie miasta, wycinanie drzew na własne potrzeby i polowanie na zwierzynę w lasach królewskich. Jednakże od XVI wieku przywileje te były ograniczone przez kolejnych królów i starostów czorsztyńskich, zaś powinności wzrastały.

Od początku swego powstania Krościenko stało się ważnym ośrodkiem, przez które przebiegał słynny trakt Via Regia, którym z północy na południe przemierzały orszaki królewskie i karawany kupców. Tędy też w pogoni za świętą Kingą, podążały tatarskie czambuły. Święta Kinga, założycielka zakonu klarysek w niedalekim Starym Sączu, schroniła się na zamku pienińskim. Z wydarzeniem tym związanych jest wiele ciekawych legend.
Na pamiątkę zaś owej bytności księżnej krakowskiej w Pieninach, obwołano Kunegundę patronką Pienin i Krościenka. Według Długosza i Staropolskiego w pobliżu Krościenka miały się znajdować pokłady złota, ściągające tu licznych poszukiwacz.
Od 1565 r. przy tutejszej parafii funkcjonowała szkoła. Zdolniejsi i zasobniejsi uczniowie kontynuowali naukę w kolegium pijarskim w pobliskim Podolińcu. Przełom XVII i XVIII w. to okres zastoju i upadku miasteczka. Krościenko podzieliło los wielu innych polskich miast, przeżywając okres wojen, oraz towarzyszących im pożarom i zarazom. Zwłaszcza zaraza z II połowy XVII wieku miała dla miasta fatalny skutek doszło wówczas do niemal całkowitego wyludnienia Krościenka. Miasto ucierpiało też w czasie walk z Kozakami. Gospodarkę mieszczan rujnowały częste przemarsze wojsk i epidemie dżumy. Handlu krościeńskiego nie uratowały nowe przywileje otrzymane od króla Augusta III. Do funkcjonujących już od XVI w. jarmarków w Zielone Świątki i na Wszystkich Świętych, dodano wówczas jarmarki na św. Annę i na św. Michała.

Przez całe wieki Krościenko z racji swego położenia przy szlaku handlowym odgrywało rolę centrum gospodarczego dla całych Pienin. W mieście funkcjonował samorząd miejski pod kontrolą starostów czorsztyńskich, którzy niejednokrotnie dali się we znaki mieszkańcom. Ponuro w dziejach miasta zapisał się zwłaszcza starosta Baranowski. wielki okrutnik, gwałtownik i niemiłosierny zdzierca, zarazem odnowiciel czorsztyńskiego zamku.

Ciekawą profesją mieszkańców Krościenka było flisactwo.
Spławiano tratwami drewno i towar aż do Gdańska, a najcześciej do Korczyna lub Szczucina na Wisłą. Zawód ten nie był łatwy i bezpieczny. Spław drewna z Pienin ograniczono po powstaniu Pienińskiego Parku Narodowego, a budowa zapór w Rożnowie i Czchowie uniemożliwiała całkowicie spław. Tradycje flisackie sprawiły, że zaczęto zarobkować przewożąc letników na tratwach przełomem Dunajca.

W latach 1768 - 1770 w okolicach Krościenka działały oddziały konfederatów barskich i ściągające je oddziały rosyjskie. Wyprzedzając rozbiory, w 1770 roku, Austria pod pozorem tworzenia kordonu sanitarnego przyłączyła przygraniczne tereny polskie (w tym Krościenko) do Węgier, a w 1772 r. do Galicji.

Po I rozbiorze Polski Krościenko jako królewszczyzna zostało przejęte przez c.k. skarb Austrii. Wkrótce poszczególne dobra zostały wystawione na sprzedaż i dostawały się w ręce prywatne. W 1822 roku Krościenko wraz z przyległymi dobrami zakupiła rodzina Grossów. To właśnie dzięki ich inicjatywie zaczęto zwracać uwagę na występujące tu źródła wód mineralnych. Miejscowa ludność od wieków czerpała w Potoku Szczawnym tzw. "kwaśną wodę" . Skład chemiczny wody przypominał skład słynnego źródła Selter w Ems. W tym samym roku rozpoczęto budowę łazienek, a wodę ujęto w drewniane ocembrowanie i zaczęto i zaczęto wywozić do aptek w Krakowie i Lwowie. Pojawili się też pierwsi kuracjusze. Jednakże konkurencja Szczawnicy i kłopoty finansowe właściciela sprawiły, że Zakład wypuszczono w dzierżawę faktorom żydowskim. Ci z kolei nie inwestowali w urządzenia. Dopiero w drugiej połowie XIX w. znowu zaczęli napływać do Krościenka goście. W 1934 roku władze państwowe uznały Krościenko za uzdrowisko. Do kuracji używano wody z dwóch źródeł "Stefan" i "Michalina". W 1963 roku źródła upaństwowiono i przekazano pod zarząd PPU Szczawnica. w 1977 roku przystąpiono do modernizacji ujęć wód. Od 1980 roku można znów korzystać ze zdrojów "Stefan", "Michalina" oraz ze źródła "Maria". W ubiegłym roku wybudowano na rynku stylową studnię, do której podłączono wodę źródlaną "Ziemróźkę", wypływającą w Pieninach. Henryk Gross w 1827 roku ujął zdroje "Anna" i "Michalina" i zbudował na Zawodziu małe łazienki wraz z zakładem leczniczym. Niestety Krościenku nie był dane przerodzić się w sanatorium, odkryte tu źródła mineralne miały bowiem zbyt małą wydajność a i dynamicznie rozwijająca.
Okres autonomii galicyjskiej, czyli lata 1867 - 1918 przyniósł społecznie administracji i szkolnictwa. Nawiązano chętnie do tradycji narodowych i uroczyście świętowano rocznice historyczne. Tak działo się w całej Galicji, zatem i w Krościenku. Z okazji dwusetnej rocznicy zwycięstwa pod Wiedniem w ścianie ratusza wmurowano marmurową tablicę pamiątkową, a w 1898 r. umieszczono obok niej płytę ku czci Adama Mickiewicza. Szczególnie uroczyście obchodzono pięćsetną rocznice bitwy pod Grunwaldem. W 1910 roku na tzw. Małym Rynku umieszczono popiersie Jagiełły dłuta Władysława Druciaka. się Szczawnica odbierała kuracjuszy. W 1859 roku szczegółową analizę chemiczną zdrojów przeprowadził Aleksandrowicz, w tym samym roku odwiedził też Krościenko dr Józef Dietl, wielki znawca wód mineralnych. Mimo że Krościenko nic rozwinęło na większą skalę wydobycia wód, przybywali tu coraz częściej nic tyko kuracjusze ale i turyści urzeczeni pięknym położeniem miasta, jego łagodnym klimatem i bliskością Pienin. Powoli miasto przekształcało się w miejscowość uzdrowiskowo - turystyczną. Grossowie wkrótce sprzedali majątek który od 1835 roku dzierżyła Teofila Cichulska, a po niej Michał Kulig i rodzina Dziewulskich. Ciekawe wydarzenie w historii miasta miało miejsce w kwietniu 1840 roku, kiedy to miasteczko nawiedziło wcale nic małe trzęsienie ziemi, odczuwalne nawet w Maniowach.

W okresie międzywojennym Krościenko na dobre stało się miejscowością letniskową, a liczba odwiedzających je turystów sięgnęła 2500 osób. Oprócz tego stało się też bazą wypadową w utworzony w 1932 roku Pieniński Park Narodowy.Był to pierwszy w Polsce park narodowy, a zarazem pierwszy w Europie pograniczny park narodowy. Niestety w tym samym 1932 roku ze względu na zbyt małą liczbę mieszkańców Krościenko straciło prawa miejskie i stało się gminą.
Piękną kartę w dziejach historii swego miasta zapisali Krościeńczanie w czasie II wojny światowej. Już w pierwszych dniach okupacji stawili opór hitlerowcom. Tędy wiodły kurierskie szlaki Franciszka Koterby, odznaczonego po wojnie Srebrnym Krzyżem Virtuti Militari. Mieszkańcy ponieśli wiele ofiar, jednak honor i głęboki patriotyzm nic pozwalały im na kolaboracje z okupantem. W 1942 roku powstała tajna organizacja "CENTRALA", która pod dowództwem ówczesnego wójta inżyniera Władysława Grotowskicgo walczyła przeciwko hitlerowskiej akcji "Goralenvolk". W latach sześćdziesiątych, twórcą Ruchu "Światło-Życie", sługa boży ks. Franciszek Blachnicki zakupił w Krościenku dom przy ul. Kościuszki 28, tworząc w nim jeden z pierwszych ośrodków Ruchu. Od tego czasu Krościenko stało się jego centrum. Celem Ruchu jest odnowa życia religijnego. Ruch obejmuje dzieci, młodzież i rodziny. Najbardziej widocznym z zewnątrz przejawem działalności Ruchu są letnie rekolekcje oazowe. Najcenniejszym zabytkiem Krościenka jest kościół p.w. Wszystkich Świętych. Jest to świątynia murowana z elementami gotyckimi, zachowanymi mimo wielu przebudów. Wewnątrz zachowały się polichromie. Niestety malowidła, pomimo prac konserwatorskich z roku na rok są coraz mniej widoczne. Najstarsze z nich, w prezbiterium, pochodzą z II poł. XIV i z XV w. Północna ścianę nawy zajmuje malowidło z 1589 r. pędzla Jakuba Koraba przedstawiające życie Chrystusa. Cennymi elementami wyposażenia są: chrzcielnica z orłem i data 1493 - dar króla Jana Olbrachta, XVIII - wieczne rzeźby św. Piotra i Pawła, obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem w ołtarzu głównym oraz drogi krzyżowej.Zachował się zabytkowy układ urbanistyczny rynku oraz domy mieszczańskie z XIX wieku na południowej pierzei. Na ulicy Zdrojowej (po drugiej stronie Dunajca) zachowało się wiele budynków o charakterze letniskowym. Interesujące są kapliczki wotywne budowane dla "odwrócenia zarazy": św. Rocha (z 1710 r.) przy ul. Zdrojowej oraz kaplica przy ul. Św. Kingi (poł. XIX w.) Kapliczka św. Kingi Pod Ociemnym, przy zielonym szlaku, zabudowana została w 1860 r. jako ekspiacja za zbeszczeszczenie cudownego źródła dokonane przez włoskiego pobotnika.Po wojnie Krościenko kontynuowało swój rozwój w kierunku ośrodka turystycznego. W styczniu 1973 roku Krościenko zatraciło swą tożsamość, przez połączenie go z pobliską Szczawnicą i przez 10 lat występowało jako dziwny, sztuczny twór Szczawnica - Krościenko. Zdecydowana większość mieszkańców Krościenka była przeciwna temu połączeniu, powstał 12 osobowy Komitet Obywatelski, którego przewodniczącym został dr Eugeniusz Rustanowicz. Po dwóch lalach bojów tej organizacji o odzyskanie suwerenności 2 listopada 1982 roku herb Królewskiego Miasta Krościenka ponownie ozdobił krościeński ratusz. Dzisiejsze Krościenko to przepiękna, malownicza miejscowość turystyczna, pełna pensjonatów, domów wczasowych i kwater prywatnych czekających na gości z Polski i Europy.